本會二零零五年以成立以來，一直堅持愛國、愛港、愛鄉，秉承「守望相助，團結一致，共創基業，服務社會」的宗旨，多年來充當橋樑的作用，編織跨代跨層的關係，發揮互補、互助、互信及互動網路。致力於團結香港與南京兩地同胞，推動兩地的相互瞭解和交流合作是我們一直在努力的方向，為維護香港繁榮穩定而做貢獻。

本會成立時名稱為「香港南京同鄉會」，及後與一九九八年成立的「香港南京聯誼總會」於2005年9月16日正式合併成一體，本屬兩會的各自董事局成員及會員也統一成為兩會之共同會員，改名為「香港南京同鄉聯誼總會」。鑒於會務發展的需要，經董事局研究決定，於2011年1月1日起更名為「香港南京總會」。

現在的會員人數已接近500人。董事局裏人才濟濟，涉及各行各業；顧問局裏有前政府高官、社會賢達、商界精英；本會成員中，也有很多個各級各地區政協委員。在這個大家庭裏，會員們能夠相互提攜，彼此照應，人人都很享受、珍惜一起相聚的每分每秒。

本會每兩個月召開一次董事局會議，逢年過節與會員們一齊聯歡，每年金秋期間帶新老朋友一起去南京參觀訪問。

凡是在南京生活過，讀過書，現在或曾經在南京有投資，或熱愛南京的人士都可以申請加入本會。

本會的宗旨是「守望相助，團結一致，共創基業，服務社會」，希望團結更多的人士，擁護一國二制，落實基本法，支持香港特區政府依法施政，反對一切破壞香港社會安定繁榮行為，繼續促進兩地文化文流和經貿發展。